古代文明
早年的印度文明支配着马来西亚。从印度输入的印度教和佛教文化，主导了早期马来西亚的历史。从7世纪到14世纪，在苏门答腊的三佛齐文明达到高峰，其影响力延伸至苏门答腊、爪哇、马来半岛和婆罗洲的大部分地区。
伊斯兰教早在10世纪传至马来西亚，但直到14世纪和15世纪，三佛齐覆灭后不久，伊斯兰教才在马来半岛奠定根基。这个地区分裂成众多以伊斯兰教为主的苏丹国，其中最突出的是马六甲苏丹王朝。伊斯兰文化对于马来人产生了深远影响，但是同时它也受到马来民族的影响。
欧洲介入
欧洲殖民势力的入侵改写了马来西亚的历史。葡萄牙是欧洲第一个在马来西亚建立势力的殖民强权，于1511年占领马六甲，紧接着是荷兰。然而，英国先在亚庇、古晋、槟城与新加坡建立基地，最终取得在当今马来西亚领土上的霸权。1824年英荷条约规定了英属马来亚和荷属东印度群岛（即后来的印度尼西亚）之间的界线。
近现代
1942年至1945年日本占领这个地区，给英国在东亚的势力与以致命打击。虽然日本占领的时期相当短，但是它激起了马来亚和其它地区的反殖民民族主义。马来人民族主义又激起了华人的反对。华人惧怕马来人和伊斯兰教的支配地位，许多华人因此参加马来亚共产党。在英国军方的强烈镇压，以及马来人和华人政治领袖的协商退让下，共产党暴动被扑灭，1957年多民族的马来亚联合邦宣告独立。
1963年8月31日，英属的新加坡和北婆罗洲（沙巴）宣告独立，1963年7月22日，砂拉越宣告独立，并与马来亚联邦以同等伙伴身份（即国家身份）于9月16日组成马来西亚联邦。随着以华人为主导的新加坡的加盟，整个马来西亚华人人口数量也持续增长，当时华族约占马来西亚人口的42%，和马来族人口的比率不相上下。后来“马来人至上”的观念越来越强烈，他们认为马来族是马来西亚或马来亚的主人或特权者，华裔和印度裔被认为是承蒙马来族的恩惠。马来族精英也开始惧怕以华人占多数的新加坡会削弱他们占多数的人口比例，并主宰马来西亚的政治及经济环境。1965年8月8日，以巫统为首的国阵执政联盟利用其国会优势通过决议，将新加坡驱逐出马来西亚。8月9日，新加坡宣布脱离马来西亚独立建国。